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都督府进行管辖。
所以，明初的时候，五军都督府的职权是很大的，每个都督府分片划区，各管数省都司卫所军务。
同时，每个都督府也都设有左都督、右都督、都督同知、都督佥事等高级将领职位。
这些职位有的是实任，有的是荣誉，但不管怎样，这些职务都是武将在中枢任职的最高级别了。
当然了，到了明末的时候，五军都督府的职权严重缩水，军政权力基本上被归给了兵部，而五军都督府单纯地变成了一个军令机构。
而没被夺走的管理天下都司卫所的权力，也因为卫所的废弛而形同虚设了。
包括皇帝直属的亲军都指挥使司内，除了锦衣卫这个第一卫获得了空前的壮大之外，其他诸卫，比如明初战功赫赫的天策卫、羽林卫、飞熊卫等等，都已经名存实亡了。
所以到了崇祯时期，传说中的亲军都护府从来没有发挥过作用，其中一个重大的原因，就是这个亲军都护府所管辖的那些上直卫，绝大多数都在土木堡之变中全军覆没了。
这些直属皇帝的卫所在太祖朱元璋时期是十二卫，到后来不断增多，最多是二十六卫，可惜的是除了锦衣卫，都在土木堡之变以后消失了。
即使极个别的还存在，也都被安置到了明皇陵附近，为死去的皇帝守陵去了，比如孝陵卫这样的，也已经完全退化，不敷使用了。
对于这些如今几乎名存实亡的都司卫所，崇祯皇帝当然不希望它们继续这样不死不活地烂下去，而是希望找个机会除旧布新，让它们甩掉包袱，重新活过来，再一次发挥它们的作用。
比如，原本最初的职责就是守卫宫禁、护卫左右的上十二卫，即使不能全数恢复，至少其中的天策卫、羽林卫，是可以恢复壮大起来的，把老弱淘汰掉，补入新力量，或者干脆就以锦衣卫拱卫司和殿前司为基础充实它们，就能让它们很快起死回生。
至于五军都督府，虽然如今形同虚设，职权和地位大不如前了，但是瘦死的骆驼比马大，当然还是要保留使用的。
至少五军都督府这个军事上进行分权制衡的体制，是不能轻易改变的，毕竟这个体制与后世红朝***设计的军事体制，也有相似乃至相通之处。
明朝的五军都督府虽然划区分片，分管天下两京十三省都司卫所，但是五个都督府都被集中设置在了京师，这一点到了朱棣迁都北京之后，更是变成了一式两份，已经成了一个弊端。
因为前后左右中五军都督府的设置，在明太祖朱元璋活着的时候，职权和辖区是很明确的，互相之间并没有多少交叉重叠的地方。
但是到了朱棣迁都北京之后，南北两京前后左右中五军都督府之间的交叉重叠，就越来越严重了，基本上已经是你中有我，我中有你，到了具体的卫所墩堡，外人已经很难分清前后左右了。
与其这样，倒还不如参照后世红朝做法，按照各省都司卫所所在的地理方位，结合预定的作战方向，重新分片划区，一个战略方向设置一个都督府，对辖区各省局都司卫所进行统一管理呢。
这样一来，五军都督府就类似于五个战区司令部，既不必大动干戈裁撤沿边或者内地卫所，又要比五军都督府全部集中在北京，更能发挥其本身的作用。
这就是如今这位崇祯皇帝关于整顿五军都督府的初步想法，这一次借着居庸之行的机会，就要把京师勋贵圈子捋一捋，同时也把五军都督府和卫所的问题理一理，进一步把大明内部的突出问题解决掉。
其实，对于五军都督府这些问题，袭封英国公爵位已经三十年之久的张惟贤，心中当然不会没有底数，只是五军都督府乃是明太祖朱元璋钦定的祖宗制度，而且牵涉面又的确太广，是以从来不敢轻提改动。
如今听了皇帝的这番话，张惟贤心中笃定，知道皇帝既然还向他交办了涉及五军都督府的事务，那就说明，这一次，皇帝不会借机收拾英国公府，当下也就放下心来，只是躬身沉声说道：“臣遵旨！”
当天夜里，英国公张惟贤夜宿军机处。
同样是当天夜里，方正化深夜入宫，第一时间向皇帝禀报了马世龙率领新编的新军第一镇入住通州大营的消息。