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在崇祯三年这个天下纷乱的秋天，崇祯皇帝当然容不得一个来自东南的事情消耗了朝廷太多的时间。
因此，在孙承宗、南居益合议了崇祯皇帝了的想法之后，军机处很快就形成了几道上谕，交给皇帝御览之后，迅速以军机处上谕的形式，通过朝廷驿递发往南京和闽浙总督府而去。
军机处秉承崇祯皇帝的决心和意图，发给南京和闽浙总督府的上谕，一方面快刀斩乱麻地处理了闽南的问题，另一方面也算解决了一直悬而未决的南北五军都督府几个属员的人选：
“上谕南京吏部、兵部、镇守勋臣、守备中官并闽浙总督府、福建抚镇诸臣：
“惊闻九月粤寇自海上袭击闽南，大掠人口财货而去，致使南澳、金夏、月港等地咸受其侵害，闽地督抚镇臣不可谓无罪责。
“着即免去熊文灿福建巡抚一职，以右佥都御史改任南京海军行都督府右护军，上谕到日即刻赴任。
“着即免去卢毓英镇守福建总兵官一职，以镇海卫指挥使世职改任海军都督府都督佥事，上谕到日即刻赴任。”
与此同时，崇祯皇帝为了这几个人的变动不至于影响到东南的大局，同样在上谕之中明确了接替的人选。
“上谕南京吏部、兵部、镇守勋臣、守备中官并闽浙总督府、福建抚镇诸臣：
“闽浙总督温体仁上体天心、下顺民意，任职闽浙两年半，厉行移民屯垦、开海通商之策，不仅东番、舟山等海外荒岛人口充实，更兼宁波、泉州等通商港口贸易兴盛，朝廷本欲奖拔任用，以此番之失，论功过相抵。
“另因前番闽地督抚同城驻节，部院、抚院职权交叉，军令、政令行之多有不便，今上谕到日，着令闽浙总督温体仁兼任福建巡抚一职，用心办理福建军务。”
除此之外，崇祯皇帝也没有忘了郑芝龙在东番岛驱逐西班牙人的功劳，以及朝廷对于其被杀的弟弟郑芝彪该有的追赠。
“上谕南京兵部并闽浙总督府诸臣：郑芝龙奉旨联合荷兰人驱逐西班牙人之战况，朕已悉知。
“驱逐夷人，复我国土，乃不世之功也！此番未及援救闽南，朕意不谓其有罪！
“今论其功，赐郑芝龙一等子爵世职，着令该员就地升任镇守福建总兵官一职，仍统带所部水陆士卒，驻防金门、澎湖、东番等地！
“郑芝龙弟芝彪留守南澳而战死，着即追封郑芝彪为一等男爵，特准予择郑氏子弟过继为嗣而袭爵！”
除了说明这些事务之外，崇祯皇帝也没有忘了下旨给闽浙总督府，以及郑芝龙，让他们了结了东番岛上的战事之后，特别是安置好了东番岛上的防务之后，尽快去清剿刘香等广东海盗。
“上谕闽浙总督温体仁并福建总兵官郑芝龙等员：粤盗刘香等人为祸东南已久，此番勾结西夷，侵袭闽南各地，杀我子民，夺我财货，堪比倭寇，罪不容诛！
“上谕到日，着郑芝龙即于驱逐东番西班牙夷之后，尽速率领所部水陆大军回师闽南交接防务，全力清剿刘香、李魁奇等广东海盗！
“为便于就近协调两广总督府及其麾下水师支援，更有利于合力清剿刘香、李魁奇等广东海盗计，特准予福建总兵府衙门南迁敌前！
“朕意可改设于同安或金门，此议由新任镇守福建总兵官郑芝龙与闽浙总督温体仁商定之后报与朕知！”
对于闽浙总督府一并上报的各种情况，崇祯皇帝带着军机处快刀斩乱麻一般地做了个处理，至于其中的对错，只能留待将来再说了。
因为崇祯三年的秋天，对他来说，实在是一个多事之秋。