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杜如晦为左相，房玄龄是右相，都是正一品的大员，共同负责政事，但各有侧重和分管范围。
这里要说的是，大安国的六部和中国自西汉以来形成的三省六部中的六部相比还是有很多的不同，面上来看少了一个刑部，多了一个农部。再往深处来看，各部的职责权力范畴也有很大的不同。
吏部尚书为许敬宗，是管理文职官员的机关，总体来说掌品秩铨选之制，考课黜陟之方，封授策赏之典，定籍终制之法。
下设掌考文职之品级及开列、考授、拣选、升调、办理月选的文选清吏司；掌封爵、世职、恩荫、难荫、请封、捐封等事务的验封司；掌文职官员守制、终养、办理官员之出继、入籍、复名复姓等事的稽勋司和掌文职官之处分及议叙，办理京察、大计的考功司。
户部尚书为刘子明，左右侍郎为这几年跟着刘子明的两个副手。户部掌全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。
隶下设掌铸钱的钱行司，掌库藏的库藏司；掌仓储及漕务的仓场司；掌工商事务的工商司，可谓是权柄极重，除了一直负责这一块，且最早跟着王君临的刘子明，其他人王君临还真不放心。
礼部尚书为裴世矩。礼部掌典礼事务与学校、科举之事。考吉、嘉、军、宾、凶五礼之用；管理全国学校事务及科举考试和外国之往来事，下设掌嘉礼、军礼及管理学务、科举考试事的仪制清吏司；掌吉礼、凶礼事务的祠祭清吏司，掌宾礼及接待外宾事务的主客清吏司，掌筵飨廪饩牲牢事务的精膳清
吏司。
另外在四司之外，还设有铸印局，掌铸造皇帝宝印及内外官员印信。会同四译馆，掌接待外国贡使及翻译等事。类似后世的教育部、文化部、外交部等部门。
兵部尚书由李靖担任。兵部执掌全国士兵的征召和兵籍的管理，武职官员的除授、封荫之典，叙功、核过、抚恤，乘载、邮传之制，甄核、简练之方，士籍、军实之数。管理掌全国马政及驿传等事。战时，也可以根据皇帝的旨意，担任兵马大元帅。
工部尚书由一直负责盐场武器装备生产基地的钱正阔担任，两名侍郎分别是格物研究院的院长，墨门的门主兼任，另外一名便是钱正阔的副手董康。
工部为管理全国工程事务的机关，和以前六部中的工部有着很大的不同。职掌土木兴建之制，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寝供亿之典。凡全国之土木、水利工程，机器制造工程（包括军器、军火、军用器物等），矿冶、纺织等官办工业无不综理，并主管一部分金融货币和统一度量衡。设四司﹕营缮清吏司，掌宫室官衙营造修缮；虞衡清吏司，掌制造、收发各种官用器物，主管度量衡及铸钱；都水清吏司，掌估销工程费用，主管制造诏册、官书等事；屯田清吏司，掌陵寝修缮及核销费用，支领物料及部分税收。
农部尚书是刘子明和杜如晦共同推荐的一人，名叫王灰儿，也是范阳学院第一批毕业的高材生，专攻农学，这几年远东军治下百姓种植各种新品种，年年增收，这个王灰儿功不可没。农部掌管全国种植业、畜牧业、水产业、农垦等事，在中国封建王朝时代从未单独设这一部，大安国设农部是王君临特意坚持所设。
另外，王君临又设了军机府，军机府的主官由秦琼担任，正二品大员，军机府副职为单雄信。军机府之下直属机构有军情府、特战大队、盐城武器装备生产基地，以及执法队。
但立国之后的军情府已经不是沈果儿的军情府，只是从后者分裂出去的一部分，由瓦岗营的谢映登担任军情府统领。
特战大队依然是张天冈统领。执法队统领是聂小雨培养出来的陈小狗。
另外，兵部统领地方的郡兵和县兵，而军机府直接统领远东军各个野战部队。
不过，随着人马增加，王君临准备将各营的规格提升为军团，所属人马编制不变，主将人选只作略微的调整。
比如，老虎军团主将依然是尉迟敬德，瓦岗军团的主将依然是徐世绩。
不过，王君临另增设幽州军团、天卫军团，幽州军团主将自然是罗艺，主要负责防务东北，盯着高句丽，以及东北的契丹和北方的突厥等异族。
而天卫军团专司皇宫和天子防卫之事，编制五万人，主将是程咬金。
让程咬金担任天卫军团的主将，是王君临亲点的人选，包括程咬金本人在内，这事可是出乎了不少人的预料。