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通过这件事，刘佩彻底的震慑了岛津家。让岛津忠恒彻底打消了最后一丝的侥幸心理，不想着和刘佩开战，反而认真的考虑起真船景平提出的，和刘佩结盟的建议。
但是岛津忠恒和重臣们一致认为，由于刘佩流露出的态度和前一阵的大战，双方不可能马上就结成盟友。这需要时间来积累双方的信任。
所以岛津忠恒下令先从双方的贸易开始做起。他特意嘱咐边的人，要封锁好关于刘佩的一切消息。还要保护好刘佩派来贸易的人员。并且做到诚实守信。希望通过了这样的举动来表达岛津家的诚意。等后双方这信任积累多了，结盟就是水到渠成的事了。
等刘佩忙完了琉球群岛的事，他留下1000的守备部队之后，就撤回了山东。刘佩回到山东之后，受到了大家的烈欢迎！但遗憾的是，这种开疆拓土的事不能明说！只能是内部举行庆祝。
在庆功宴上，方德刚就提出了关于琉球行政的问题。不过被刘佩挡住了。刘佩告诉方德岗现在不是时机，等过两天调整完从上下到下的架构，那时候才是方德刚大展手的时候。
刘佩在休整了几天之后
，就开始了从上到下的大调整。这次调整是刘佩酝酿已久的事了。刘佩想要做到将政府和军队如臂指使的话，就必须有一个好的架构。毫无疑问，抄袭现代的架构是一个最好的办法。但是此时也没有那么多的事物可忙，所以刘佩还是缩减了不少部门。
而且刘佩选择此时调整对他最有利。此时无论政府方面还是军队方面人手都比较少，调整起来阻力最小。若是等到以后人手多了，形成了山头，那调整起来可就难了，而且说不定会破坏大好的局面。
刘佩最先调整的就是他自己。他首先成立了大元帅府，刘佩自认大元帅。大元帅府下面直辖的几个部门分别是侍卫营、科学院、总参谋部、报局和监察局。
侍卫营不用说了，就是刘佩的直属部队，负责保护刘佩和部分部门的的安全。
科学院起到的作用主要是指导刘佩未来发展的方向，以及进行科学技术的研究。关键是科学院里的人来历太复杂，不敢公开。所以必须由大帅府直接管辖。而且此时科学院里又增加了编制。刘佩又从现在拐回十几个人来。他们正有滋有味的在科学院里做研究、搞教育。自从这批人来了之后，刘佩就不打算再扩大科学院了。科学院由鲍德志总管。
至于报局由刘江管理，王传皓是副手。而实际上所有人都知道，所谓的报局就是大明朝的厂卫。不过剥夺了他们审讯和监的权利。但是其他的权利全部放给了报局。而且报局分为内外两部。内部自然是监察百官，外部就是对外的报搜集、侦查及策反工作。
监察部就相当于大明朝的御史。他们负责监察朝廷上下的百官以及民间的举动。
另外另个大头就是政务局和军务局了。政务局就是以方德纲为首的文官们，他们将统领所有的政务。下辖税务司、司法司、教育司、警察司、农业司、水利司、外交司、卫生司和财政司。
部门虽然不多，但是足够目前刘佩需要的了。以后随着刘佩地盘的扩大，再逐步的调整就可以了。
随后就是军队。军队将彻底分开，分为三大块。海军、陆军和后勤。
目前所有的海军舰队将整编为北海舰队第一舰队和第二舰队。第一舰队将由全部的新式战舰组成。主要负责海上交战。第二舰队全部由中式海船组成。负责进行倭国贸易和海上收税。