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民党军队的手中。乌龙山要塞也基本未遭攻击（12日日军的小炮艇刚到乌龙山附近水面）。直到13日下午，江心洲（长江中的一个岛）的芦苇丛中还埋伏着112师的一个团，还在准备伏击日军的登陆部队，他们根本没有得到撤退的命令。
谁组织撤退？没有高级将领组织指挥撤退，12日5时开完撤退会后各部队即自行突围。以至于12日城外的守军发现叶肇的66军在出中华门还蒙在鼓里。最可恨的是部分高级军官开完会后独自悄悄逃过江，根本没有通知部队的士兵！
教导总队的部分将领们逃走时，底下的团长还在指挥战斗，一直到12日晚8：30，总队的四个团长还在紫金山开会。直到夜里12点才开始突围。71军军长王敬久，87师师长沈发藻12日下午逃走时，也没有通知城外的部队，直到12日傍晚261旅发现城墙没有人防守了才明白过来。万式炯一直战至13日中午，也没有接到撤退命令，后来听说日军坦克已经到了长官部门口，才知道头头们已经都撤了。（万称自己是南京保卫战最后撤退的部队）。宋希濂的部撤退时居然下令关城门，过江后又下令烧船，根本不管其他部队的死活。
十数万守军的土崩瓦解：绝大多数部队都往下关跑，为什么？因为军长师长们都知道，那儿有他们偷偷保留的船！所以都往下关撤，部下听说长官往下关去了，自然也就跟过去了。就这样，几万****，无数民众便涌向了下关，可是挹江门的36师却不放军队通过，因为按计划，从下关撤退的只是长官部和36师。于是发生枪战，部队混作一团。最后终于被人流冲开了挹江门，但地上的尸体有好几层！
多数部队开始撤退时还能保持建制，但到了挹江门下就瓦解了。冲出挹江门的国民党军队只能称为是散兵游勇，而不是军队了。这些散兵以各种形式过江，但只有少部分成功。
需要提出的是，北岸的胡宗南并不知道撤退计划（既然要撤过江，卫戍长官部居然没有通知北岸的守军），他们奉命向江中的船只射击，直到唐到了对岸，方才知道撤退已经开始，殊不知已经误杀了很多人。
并不是所有的****都挤向江边，叶肇的66军就是向东突出去的。教导总队的第三旅12日夜还在紫金山上和日军拼杀，“误了”时辰，等别人都撤走后，从日军间隙中冲到了皖南。可见，各部队从正面往外突围的计划是正确的。日军尽管围住的南京，但后面是空的。据说邱清泉当时非常冷静，12日傍晚桂要邱和他一起走，邱说：“你先走，我还要和团，营通话研究撤退方案！”。数个当年经历过南京保卫战的国民党将士的回忆录中都有评述。
日军于1937年12月13日攻陷南京之后，在南京城区及郊区对平民和战俘进行的长达6个星期的大规模屠杀、抢掠、*等战争罪行。有关南京大屠杀的死亡人数国际法庭认定至少20万以上，中国学者考证为30万以上。分析南京保卫战的资料可以发现，国民党军队真正在战斗中阵亡的不多。多数死于混乱的撤退中以及日军的大屠杀中。