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从孙恩等利用宗教发动起义的这些教团分析，他们为了更好得利用宗教实现个人的或一部分人的利益，取消了五斗米道的“治”的单位，不再提倡诸如三官手书、盟威科仪等对于战争和统治没有实际意义的部分。仓廪足才知礼仪，连吃的东西都要靠抢的一群人，谁和你讲什么科仪？
最大的不同之处表现在组织领导的统一性方面。五斗米道从南渡以来，内部便不再是一个统一的、团结的整体了，开始有了不同地域的团团伙伙，有了不同的利益圈子。除了孙恩、卢循以外，组织起义的还有诸如李特、陈瑞、张昌、丘沈、刘伯根、王始、李脱、李弘、李金根、卢悚等，这些人基本上都是有自己的小团伙，相互之间并也没有统一的组织领导，他们还代表着不同的士族集团，有着自己的地盘、利益，相互之间甚至相互仇杀、攻伐。比如孙恩和司马元显这对师兄弟就是对死敌，孙恩同样把五斗米道的忠实信徒王凝之给咔嚓了。
考证这些参与起义的领导人可以找出很多共性之处，已故史学家田余庆先生总结了六点：一、同为侨人；二、同为寄寓江左的次等士族；三、同奉道教；四、共为婚家；五、同活动于建康以外而不得进入东晋政治中枢；六、同有突破门阀政治限制的要求。这些起义领袖起义的动机和结局其实和孙恩没什么区别，本质上还是要充分利用宗教和民怨谋求改变自己小士族的地位，向大门阀、大士族争取更多的权利，至于要推翻皇权，为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平，对不起，那是儒家的事，与我等道士没有半毛钱关系。跟着拼命的百姓们怎么办？你想多了，那只是工具，都管饭了，再提要求你不脸红？
孙恩自己出身小士族，起义过程中还接纳了很多小士族加入，这导致他的人生目标和底层农民意愿从根本上的不同，说白了他自己就没有个远大理想，没有高品位的人生追求。这可以通过他数次登陆的表现看出来，那只是泄恨报复，暴力破坏，只是一昧劫掠，烧杀，没有一丝为百姓争取社会地位的想法。另外，从他长期占据海岛，而不是谋求建立稳固的根据地来发展，也可以看出他的短视。总之，这家伙就没做过一件好事，所以学者们不承认他领导的是代表正义一方的农民起义，反而定义为流寇、海盗、作乱。
本质上看，孙恩的起义是阶级斗争的产物，宗教意识占据主导的地位。为社会的和政治运动披上宗教的外衣，这是政客们最喜欢，用得最顺手的手段，所以，从黄巾起义到大大小小数十次的五斗米道的起义，统治阶级对宗教活动一直是采取着利用、拉拢、防范、控制相结合的策略，少有一棍子彻底打杀的情况，归根到底还是为了维持他们的统治。
当然，玩火也有被烧死的时候，孙恩的起义，对世族大地主的沉重打击，直接动摇了东晋的根基，在客观上为以刘裕为首的庶族地主集团力量的发展提供了有利条件，为刘宋取代东晋创造了一个契机。也由此，刘裕和儿子刘义隆才重视吸取了东晋灭亡的教训，采取了一系列的轻徭薄役，休养民生，推行恢复社会生产的新举措，减轻了农民负担，给这个苦难的朝代带来了难得的几十年的元嘉之治。
当然，除了引起了封建统治者的高度重视以外，孙恩的起义对道教的发展同样有着深远的影响，直接引起了南北朝的道教的演变，这些演变，甚至是破而后立的演变，最终在这个时代，把道教推上了巅峰。
另外，孙恩和卢循的作乱可以说是开创了中原海寇之始，为后世的海盗们提供了丰富的经验和蓝本，简直就是中国海盗的祖师爷。
一直以来，学术界多认为太平道随着黄巾起义的失败而消失了，最后，我们从孙恩的宗教行为中找找太平道的影子。
五斗米道自从归顺了曹魏以后，逐渐以上层士族为中心，同下层逐渐割裂开来，而太平道则一直坚持以底层为中心，崇尚以暴制暴的太平之路。有学者提出了孙恩所信奉的应该是以江南的巫鬼方术和东部滨海地方性的信仰为主，追随者可以跟着跳海自杀，甚至母亲可以把自己的孩子扔水里，孙恩、卢循都自称将军，大肆杀戮大士族等这些表现，都可以看出太平道的影响力依旧在。而王羲之等高门大族则是以五斗米道信仰为主，从王凝之的请鬼兵助战可以推测出来。此外，孙恩的水仙宣传也是和太平道的有紧密关系的。在《后汉书》中，皇甫嵩大败黄巾军时斩首三万，但赴河死的却有五万多，也就是说多数人是集体跳河自杀了。还有就是十常侍被追杀时，也有选择投河死的，在《三国演义》里也有这段情节。前文已经讲到过，十常侍和张角是有关系的，当年也是约为内应的，所以应该也是信仰太平道的。所以选择水里自杀的方式，在太平道中是一种尸解成仙的方法，孙恩投海并不完全是受地方的信仰或五斗米道的影响，还是有太平道的影子在里面的。
总之，完全割裂开宗教的融合发展性肯定是片面的，我们更应该看到道教的政治性和社会性，把它放到我国文明发展、社会进步的大环境中分析它。