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据书末的一句“起草于万历丙子六月六日，脱稿于戊寅八月八日”确定的，正好是陆西星对自己人生六十年的总结，个人更喜欢把副墨理解为正本的副本，实际上就是一本参考书。
有人分析过陆西星为什么会用三年时间专门注解庄子，其中一个理由是他曾经九次科举不中，而最后一次是嘉靖四十年（1561年），算算那时他已过了不惑之年，无论如何看得开，心情郁闷几年也在所难免吧，于是，庄子的那种逍遥九天的超脱给了他莫大的精神安慰，于是开始沉迷进去。在陆西星看来，“生无食肉相，居官何足云？”我本就不是个当官的料，所以才一直考不上，其实我最“适合仙旨，事皆天定”，今天看到庄子，真的要感激他，从此要学逍遥游，“鹏有九万里，安能学蜩鸠”，这也许和他年近花甲决定动笔注疏庄子有一定原因吧。
书成后，时任首辅的同乡、土豪李春芳欣然掏腰包帮着陆西星安排了雕版印刷一条龙，这就是副墨的第一个版本。
书出来以后，反响很大，大家对副墨的评价还是非常高的。侄子陆律率先捧场，说叔叔的副墨出来以后，以前的所有注都可以扔了不用看了，还好他没说以后也没必要再注了的话。
感念李春芳对自己的支持和认可，万历十二年李春芳病故时，陆西星专门作文表达自己的哀思。
晚年的陆西星似乎感觉到自己的阴阳双修没什么进展了，于是又开始研究佛学，课题是圆性成佛。
当然，陆西星并不是晚年才开始研究佛学的，应该是一直有研究，至少可以从副墨中看到很多佛学方面的东西。他自己也曾说：“幼读竺西典，芒若失故吾”，可见他是从幼年时便开始研读佛典了，就算不是主修，经过几十年的积累，到注庄子的时候已经足够用了。
《南华真经副墨》的成书成为了陆西星学术生涯的一个转折点，从此以后，他开始转而主攻佛学，所以，学者们总结陆西星的一生，大致分成了三个阶段：早年以学儒为主业；中年以后沉迷丹道；晚年则精研佛理。
万历二十四年（1596年），陆西星写成了《楞严经说约》，万历二十九年又发表《楞严经述旨》，万历三十年《楞严要旨》。
道友可能奇怪，陆西星怎么只研究《楞严经》啊？
不要小看《楞严经》，相信没有人不知道这部佛经吧，曾经有这么一种说法：“自从一读楞严后，不看人间糟粕书！”
可见，《楞严经》在一些人的心目中的地位是顶级的，实际上呢，这部佛经在内容上可以说是横跨禅、净、密、律各宗，佛家认为它是无上圭臬，当然值得陆西星精研它了。
万历二十九年（1601）五月，陆西星乘船北上北京，舟行通县潞河时写下了《楞严经述旨题辞》。在题辞后，陆西星有这么一句：“万历二十九年岁次辛丑夏五月八十二翁淮海陆西星庚书于潞河舟中。”万历二十九年是1601年，正是由此推算出了陆西星是1520年生人。
万历三十四年（1606年），陆西星87岁了，最终没能证得大道，卒于兴化老家。《重修兴化县志》卷一中有记载：“陆山人墓，北郭外十里平望铺葬布衣陆西星”，碑上有“陆山人墓”署名，后人又在方壶岛北海草堂旧址处修了一座“陆仙人祠”表达对他的追思。
从上面的生平可以看得出，陆西星留下了大量着述，简单归纳一下吧。
陆西星的着作主要有《宾翁自记》、《道缘汇录》、《方壶外史》、《南华真经副墨》等。存世的《方壶外史》共有八卷，大概可以分成注疏类和撰述类两类，其中注疏类共有十种：
《黄帝阴符经测疏》、《老子道德经玄览》、《周易参同契测疏》、《周易参同契口译》、《无上玉皇心印妙经测疏》、《崔公入药镜测疏》、《纯阳吕公百字碑测疏》、《紫阳真人金丹四百字测疏》、《龙眉子金丹印证诗测疏》、《邱长春真人青天歌测疏》。
撰着类共有四种：
《玄肤论》、《金丹大旨图》、《金丹就正篇》、《七破论》。
据黄邃《悟真篇注》跋称，明刊《方壶外史》又收录了陆西星的《悟真篇小序》一卷，所以明刊的《方壶外史》共收录了十五部作品。
陆西星在晚年参佛写下的作品主要包括：《楞严经说约》、《楞严经述旨》、《楞伽句义通说》等。