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有兴趣的中国人，从皇帝到士大夫及基督徒，也失去了接触西方文明的机会。
“中国礼仪之争”正式爆发首先是在福建。由于主持当地教会的耶稣会士艾儒略全面继承了利玛窦的传教路线，被当地教内外绅民誉为“西来孔子”。他对中国文化采取了十分开明的做法，包括允许教徒们进祠堂、入孔庙。各地的中国信徒仍然保持着利玛窦时期的旧习惯。这种宽容做法引起方济各会的反对。1633年，方济各会士李安堂到达福建宣教，他对耶稣会神父们居然容忍教民奉行异端大感震惊，便联合多明我会反对耶稣会的做法。
多明我会在欧洲是神学权威，长期以来，他们主持教廷的宗教裁判所，对裁判异端特别有发言权。但是多明我会对中国文化问题缺乏内在的观察，也没有儒家士大夫作朋友，且宣教重点在南洋群岛，台湾、福建是他们的延伸部分，在中国内地也没有宣教士。上述这些对他们的影响是双重的：一方面是对中国的文字传统缺乏了解；另一方面是对福建地区格外严重的迷信活动感触尤深。
宗教裁判所里的多明我会神学家们很少来过中国，他们对中国礼仪问题的看法基本上是在欧洲形成的。当时欧洲人对中国文化的认识，基本上源于《利玛窦中国札记》和另一本西班牙人拉达写的《菲律宾群岛的征服·记大明的中国事情》来了解。前者代表耶稣会的观点，赞同儒家礼仪。拉达是奥古斯丁会修士，到过福建，对中国礼仪大惊小怪，他的描写对当时固执己见的欧洲人是触目惊心的。多明我会开始发动礼仪之争时，焦点正是集中在拉达最初提到的偶像问题上。他们坚持问：中国人在祭奠先人时，为什么要把三杯酒中的第一杯酒洒在地上？为什么会相信人死后，灵魂会在天上、地下和牌位之间来来去去？为什么中国人见到什么神的牌位就跪拜下去？按基督教神学观念，这些确实不合教义。耶稣会很难回答。
争论开始只局限在远东进行，在福州、广州、马尼拉，在耶稣会表示不合作之后，马尼拉主教决定把矛盾上交到罗马。1645年，教廷的宗教裁判所的神学家根据在闽宣教的多明我会莫若翰的一面之辞，作出了有利于西班牙会士的决定。这份被认为是罗马教廷关于“中国礼仪之争”的首号文件，对耶稣会极为不利，且没有妥协余地。但根据现存的中西文献看，它在中国内地没有马上产生很大影响。显然当时中国正处于战争状态。
1654年，耶稣会士卫匡国为“中国礼仪之争”专程赴罗马申辩，他解释说，中国人的祭祀只是一种社会性的礼节，而不是宗教迷信。据此，教皇亚力山大七世于1656年作出决定：如果中国礼仪的问题如卫匡国所说，中国信徒可以行祭祀之礼。这是“中国礼仪之争”的二号文件，它完全倾向于耶稣会。
1659年，罗马传信部给三位在中国的巴黎外方传教会士发了一个不寻常的指示：“不要试图去说服中国人改变他们的礼仪、他们的风俗、他们的思维方式，因为这些并不公开地反对宗教和良善的道德。还有比把法国、西班牙、意大利，或者任何其他欧洲国家，出口到中国去更傻的事情吗？不是要出口这些欧洲国家，而是要出口这信仰。这信仰并不和任何种族的礼仪习俗相矛盾冲突。”
这种明白无误的语言代表了十分开明的态度，这本可以使中国礼仪之争早早结束，也可以使以后更多的中西文化冲突得到避免。可惜事实并不如此。同年，当已成为济南主教的李安堂路过杭州时，卫匡国将上述意见和罗马教谕转达给他，这大大激怒了他。他从耶稣会士汪儒望处获知了几十年前耶稣会内部对中国礼仪问题的争论内幕，还看到了龙华民留下的反对中国礼仪的文件。这使得李神父信心大增，派出一位方济各会修士去欧洲告状。
其间（1664—1670），在北京闹出历狱，大部分宣教士被驱逐到广州，这23位神父（3位多明我会士，1位方济各会士，余皆耶稣会士）在广州耶稣会院里召开传教史上著名的“广州会议”，他们在40天的会议中（1667年12月18日—1668年1月26日），对近百年的中国传教活动进行全面总结，中国礼仪问题成为激烈争论的焦点。最后以表决形式通过议案，大家在中国礼仪问题上继续持妥协态度。1656年教皇亚力山大七世所作决定得到执行。
然而，签了字的多明我会修士回到欧洲后，出版了《中国的传统历史、政治与宗教》，继续判定中国礼仪为异端，在西方引起极大反响，得到虔诚信徒的支持，使罗马又一次面对两难境地。
在此关键时刻，中国又来了一批法国巴黎外方传教会和教廷直属传信会的教士，其中就有使得中国礼仪之争激化得不可收拾的法国巴黎大学神学博士阎当主教。1693年，在福建的阎当主教发出命令，要求在他的教区内严禁中国礼仪，且要摘去各地教堂中仿制的康熙帝赐给汤若望的“敬天”大匾。此外，阎当还发动了欧洲的神学家来支持他。1700年，经过30次讨论，巴黎大学神学院定中国礼仪为异端。当时巴黎大学正在和耶稣会展开论战，教皇虽然没有马上支持巴黎大学神学院的判断，但也不得不引起重视。因各方压力太大，1704年，教皇克莱芒十一世主持全面讨论了阎当提出来的非议，结果断然决定禁止中国礼仪。教皇特使铎罗主教于次年抵达澳门，至此中国礼仪之争越出了神学讨论的范围，甚至也不全是文化冲突，而是转化成以罗马教皇和中国皇帝为代表的教会权力和政治利益的冲突。
三、 禁教政策
康熙开始并不想排教，只是想用自己的权威保全中国礼仪和天子的体面。他酝酿的重大计划是将有100多年历史的中国天主教会收为国有。办法是让所有在华的宣教士效忠自己，脱离与罗马梵蒂冈的联系。他准备自己做在华天主教的庇护者。凡愿继续在华的教士必须表明遵守中国礼仪，领得印票才准传教。票上写：“西洋某国人，年若干，在某会，来中国若干年，永不回复西洋，已经来京朝觐陛见。为此给票。”由内务府发放，表示康熙视其为家臣。永不回西洋，类似现代意义的入中国国籍。
康熙对不愿具结的传教士采取了非常严厉的措施，下令将他们驱逐到澳门。在清朝皇帝中，康熙是最开放、最有西学兴趣的。就个人而言，他真诚地喜欢天主教传教士带来的学术和思想，甚至经常把天主教教理挂在嘴上，写在诗文里，因此他设法不使冲突激化。但是皇帝个人的学问、思想和信仰上的嗜好，也必须服从王朝的总体利益和形象。祭天、祀孔、法祖，事关中国的国本、教化人民的传统，他不能做出让步。
克莱芒十一世在1715年3月再次发布了严厉的禁令，这道禁令被称为《自那一天》，因为禁令的第一句话是“自那一天”。禁令要求世界各地所有的中国礼仪之争，都应该按本规定彻底结束。在内容上，此禁令除了重复1704年以来的严厉态度，还增加了一项宣誓内容，要求所有在中国的宣教士和将要访问中国的人，都签署一份誓言。誓言的正本或被认可的副本，必须交到宗教裁判所，否则不能在中国担任听告解、布道或主持弥撒的工作。
康熙读到《自那一天》后，批道：“览此告示，只可说得西洋人等小人，如何言得中国之大理。况西洋人等，无一通汉书者。说言议论，令人可笑者多。今见来臣告示，竟是和尚道士、异端小教相同。似此乱言者，莫过如此。此后不必西洋人在中国传教，禁止可也，免得多事。”
康熙之后，雍正、乾隆两朝都对天主教采取了严厉的查禁政策，且一直持续到鸦片战争前。天主教的宣教工作从此暂时转入地下，但从未中断过。