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不过他很快将这一想法变为了实际的行动。
帝制取消后，取而代之的是共和体制，为了迎合南方，段祺瑞并不急于担任那些近在眼前的总统，而且扶出了黎元洪，对于第二次出山黎元洪信心不足。而1915年12月12日孙中山在南京就职大总统，并组建了南京军政府，他这个总统能不能当还要看孙中山的意思，即使他当选为总统，他还需要解决另一个问题段祺瑞，他可不甘心从袁世凯的傀儡变成段祺瑞的傀儡。
南京政府成立后首先要解决的问题是得到英、法、美、日等国的外交认可。不过在段祺瑞扶出黎元洪后，南京政府就变得极为尴尬了，这也是为什么当初杨洪森反对筹建南京政府的原因，在那些西方国家眼中北洋才是正统。
南京政府中杨洪森控制着地方和军队，那些资深党员则控制着政府，他们之间暗战不断，但是杨洪森自有办法收拾他们。
孙中山也在思考着两个问题：一、北伐是否还要继续，毕竟袁世凯死了，帝制取消了。二、是否取消南京政府，现在各国均只承认北洋政府。政府内要求继续北伐的声音很高，杨洪森却不支持北伐。政府内反对取消南京政府的议员很多，杨洪森却力主取消以迎合西方各国。
不过有两件事导致了北伐无法在继续。
第一件发生在四川，唐继尧为了控制四川抬出了蔡锷，而蔡锷的确很有作用，一下就把四川那些大大小小的军阀们都镇住了，可问题是蔡锷的身体不太好。南京政府组阁后，杨洪森派专机将蔡锷接到了南京，这是杨洪森对他的看重，期间他做了一些手脚，其在上海治疗时被诊断出有严重的疾病可能会导致其死亡，洋大夫建议其到医疗条件更好的欧美治疗，杨洪森自然将此事报知孙中山，孙中山亲自了解了蔡锷的病情，根据医疗小组建议准备至美国治疗，军政府还专门划拨了一笔款子，杨洪森更是派人与美国支部同志联络。唐继尧担心南京政府打四川的注意，所以暗中指示四川地诸将挽留，这让孙中山大为恼火，在他看来蔡锷如果继续留任，非死在都督任上。杨洪森几句话就点明了其中了缘由，孙中山轻叹一声，以南京军政府名义，让唐继尧兼任四川都督，北洋政府也做出同样的任命。唐继尧没有蔡锷那种威信，四川诸将都不吊他，他不得诉诸于武力，这使得第一方面军彻底无法参与北伐活动。
第二件事比起蔡锷去美国治疗那就严重多的多。惠州陈炯明对广州兵变，袭击军政府，自称广东都督。北京这次的反映很快，段祺瑞命令广西陆荣廷发兵讨陈。南京知道这个消息还是在黄兴逃回福州之后。国民党重要人物宋教仁在广州兵变被陈炯明手下的士兵乱枪打死。宋教仁的身亡绝对是一场意外，陈炯明没有下达过杀宋教仁指示，但是宋教仁太过刚烈围攻当日，只身前往欲劝退陈部叛军，结果被杀入广州城的叛军打的全身血孔。
宋教仁的死把陈炯明吓的不轻，“你说他不好好在军政府内待着，出来个毛劲啊”。
陈炯明不好的预感在其夺取广州后几日应验。孙中山在南京极其愤慨的通电讨伐陈炯明。
陆荣廷为了防止南京方面介入广东事务首先起兵。
陈炯明非常清楚孙中山发起火来事态会很严重，陈炯明自然打不过陆荣廷，他一方面向孙中山去电请罪，一方面通电下野准备回香港。可是香港他哪里能会的去，社会部的那些人拿着孙中山的手谕到了香港后，马上布控着手抓捕叛党、叛国、叛军的陈炯明，在友人的提前告知下陈炯明只身逃亡澳门，社会部的人随之到达澳门，陈炯明只好逃亡南洋，可以在南洋他更待不下去，只好一路南逃至澳大利亚。
这件事的后续是，陆荣廷独占了广东，他虽然支持南京政府，便是却以各种借口反对北伐。
到此为止，北伐三路大军只剩下杨洪森这一路，孙中山对于他们的背约十分不满，而杨洪森趁机向孙中山推销起“攘外必先安内”的方略来。