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三个辅政大臣现只剩下张居正一人，而其因曾任帝师，所以，小开同志也放手让其施政，犹如历史上一般，张居正很快便正式向小开提出了“尊公权、杜私门”的几项改革主张，抑制土地兼并，而其中最著名的便是对各级官员的“考成法”与经济上的“一条鞭法”，同时张居正还向小开建议兴修水利，改革军事。{{＜([ [
小开作为后世人，当然知道这些措施的效果，立刻召见了张居正，林小开道：“先生的方案朕看了，很好，不过朕也有个小建议，那就是纳粮当差的范围可扩大，所有士绅当一体当差一体纳粮，其二，叫摊丁入亩，税制由人头征收改为按田亩征收。”小开同志将后世他人之法又剽窃了。
张居正呆了呆，想不到这小皇帝竟然如此精明，但他也顾虑重重，知道如此一来，得罪的便是整个士绅阶级，而他便是天下第一恶人了！想想便道：“皇上，如此凌厉的改革恐怕会激起民变啊！”
林小开道：“朕知道如此一来会阻力重重，但朕也有朕的策略，此番改革可分几步而行，先施行先生的考成法与一条鞭法，再依次推进，同时，还要建立一个新的机构，那便是在坻报之外，另建一个塘报，职司向天下万民宣讲各项改革的好处，从下层入手减少改革的阻力。”
张居正呆在那里，林小开道：“请先生以此为思路，拟个方略，循序渐进吧！”
处理完张居正将要进行的政务改革，林小开同志便再次进行他的军事改革了。
他的第一步便是在羽林卫中设立讲武堂，建立起历史上最早的军官学校，由于羽林卫上早有模拟作战，讲评作战得失的机构，所以基本没做什么工作便顺利的让各将校都接受了，而讲武堂的另一个好处也让各军将校眼热，那便是任何校尉以上军职，都须通过讲武堂的学习、考核合格后方有任职资格，同时大力在军中教习普通军士识字。
林小开的第二步便是在羽林卫中正式设立情报、参谋、指挥、后勤各司，并参照后世经验设立政工司，主管宣传、动员、教育、政治思想工作，更重要的是解决士兵为谁而战的问题，而各级军官，也仿照后世分为将、校、尉三大级，每一级又分三小级……
随着林小开这一参照后世军队的措施的推进，羽林卫再次脱胎换骨，而在严格的训练下，小开同志“军纪严明、绝对忠诚、敢打必胜”的治军思想也渐渐深入人心。
在羽林卫完成脱胎换骨后，整个禁军、原三大营也都仿效羽林卫进行了整编，不再保留原有番号，统一整编成新的禁军。
新禁军经过裁撤，整编，虽然人数只保留了二十万，但这却是实打实的二十万，其战斗力，显然不是原号称的五十万所能比拟。
裁撤下来的人员，林小开也没有将他们打回家，除将部分确实滥竽充数、劣迹斑斑的人裁撤外，分三年调到长城以北，成为新皇庄的屯兵，这些兵员下马务农，上马成军，而前三年收成全部归已，以后，小开也表示只收赋税，所得粮马等可按市价售于朝廷，相比以前，虽然艰苦，但收益，岂能同日而语？小开同志又剽窃了后世建设兵团的做法……在头一年榜样的带动下，原本三年的计划，竟然两年就完成了。
小开同志最得军心的是第三步，建立军队遗孤抚恤院，对在战争中为国捐躯的军人遗孤，由国家负责抚育，长大后根据其意愿，优先进入羽林卫！
小开同志对原神机营的改造最不为人所知，经过整编，神机营全营划进羽林卫，由于新设立的羽林卫神机营驻地绝对保密，外人根本无从窥视。
小开同志还别出心裁的军中建立了一个新机构，取名军事科学院，从全国各地招募能工巧匠，好象一天到晚鼓捣着什么，只是一队队的马队驮着各种材料进进出出……
若干年后，人们评价小开此次强力推行的改革为“开民智之先河，创万世强军之典范！”史称“万历革新”，事实证明，这个古老的东方帝国，从来就不缺创新和变革精神，少的只是一个合格的引路人或者说思想。