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兵部一般设有尚书一人，为刘仁轨，侍郎二人，为杜睿门生薛宪，冯旭。其属有四：一曰兵部，二曰职方，三曰驾部，四曰库部。兵部主事四人，职方主事二人，驾部主事二人，库部主事二人。兵部令史三十人，书令史六十人，制书令史十三人，甲库令史十二人，亭长八人，掌固十二人；职方令史四人，书令史九人，掌固四人；驾部令史十人，书令史二十四人，掌固四人；库部令史七人，书令史十五人，掌固四人。
其五为刑部，理刑狱辞讼。东汉尚书置二千石曹掌刑狱，三公曹掌决案。魏、晋以后，尚书之三公、比部、都官等曹均关刑狱，南朝之宋、梁、陈、北朝之北齐，均设都官尚书。隋文帝定六部制度，初沿北齐置都官，开皇三年改称刑部。
刑部掌法律刑狱，与最高法院性质的大理寺并列，职掌审定各种法律，复核各地送部的刑名案件，会同九卿审理“监候”的死刑案件，以及直接审理京畿地区的待罪以上案件。
设有尚书一人，为杜睿门生杜养盛，侍郎两人，为杜睿门生杜养学，崔正道。其属有四：一曰刑部，二曰都官，三曰比部，四曰司门。
刑部郎中、员外郎，掌律法，按覆大理及天下奏谳，为尚书、侍郎之贰。凡刑法之书有四：一曰律，二曰令，三曰格，四曰式。凡鞫大狱，以尚书侍郎与御史中丞、大理寺正卿为三司使。凡国有大赦，集囚徒于阙下以听。
刑部主事四人，都官主事二人，比部主事四人，司门主事二人。令史十九人，书令史三十八人，亭长六人，掌固十人；都官令史九人，书令史十二人，掌固四人；比部令史十四人，书令史二十七人，计史一人，掌固四人；司门令史六人，书令史十三人，掌固四人。
其六为工部，掌工程建设。工部起源于周代官制中的冬官，汉成帝置尚书五人，其三曰民曹。后汉以民曹兼主缮修、功作、盐池、园苑之事。西晋以后置田曹掌屯田，又有起部掌工程，水部掌航政及水利。后周依《周官》，置冬官府，长官为大司空。隋代开皇二年始设立工部，掌管各项工程、工匠、屯田、水利、交通等政令，与吏、户、礼、兵、刑并称六部。
设有尚书一人，为杜睿门生张言硕，侍郎两人，为杜睿门生杜承学，及许州鄢陵人崔知温。其属有四：一曰工部，二曰屯田，三曰虞部，四曰水部。
工部、屯田、虞部、水部郎中各一人，员外郎各一人，工部郎中、员外郎掌经营兴造之众务，凡城池之修浚，土木之缮葺，工匠之程式，咸经度之。
屯田郎中、员外郎掌天下屯田之政令。
虞部郎中、员外郎掌天下虞衡、山泽之事，而辨其时禁。
水部郎中、员外郎掌天下川渎、陂池之政令，以导达沟洫，堰决河渠。
工部主事三人，屯田主事二人，虞部主事二人，水部主事二人。
杜睿改制之后，加强了工部的职能，使其管理全国工程事务的机关，职掌土木兴建之制，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寝供亿之典。凡全国之土木、水利工程，机器制造工程，包括军器、军火、军用器物等，矿冶、纺织等官办工业无不综理，并主管一部分金融货币和统一度量衡。
其七便是杜睿奏请太宗皇帝所设总参谋部，掌四方征战，参赞军机，设尚书一人，为先天竺道行军大总管王玄策，另有参谋二十八人。
唐初﹐左﹑右仆射及中书令﹑侍中并为真宰相﹐左仆射居首﹐地位极为尊崇。太宗贞观年间﹐房玄龄为左仆射近二十年﹐成为大唐名相。
在历史上，随着房玄龄病逝，尚书省的地位已在下降。首先﹐是仆射相权的削弱和被剥夺。贞观后期，太宗皇帝在门下省设政事堂﹐为宰相议政之处。参加议政者原为三省长官，即左右仆射﹑中书令﹑侍中。
但皇帝又以敕令指定其它官员参加议政﹐称为参加机务﹑参议朝政等。其官品位较低者则加以同中书门下三品或同中书门下平章事等头衔﹐亦为宰相。
其后﹐凡官仆射者必须加此称号﹐才能参加议政﹐才是真宰相。左右仆射逐渐被排除于宰相之外﹐到唐玄宗时就少有仆射参加议政的事例。尚书省因其长官被排除于决策机关之外而成为单纯的执行机构了。
其次是尚书省各部诸司的职权逐渐为新发展起来的各种使职所夺。这种使职由皇帝以敕令任命﹐专管某一具体职事﹐属于差遣性质。
唐玄宗时是各种使职迅速发展的时期﹐如在财政制度方面就有劝农使﹑度支使﹑营田使等的设置。这些专一性的使职﹐直接禀承皇帝的敕令﹐指挥其下属机构﹐很少通过尚书省。
特别是在历史上的安史之乱以后﹐由于军事上的急需﹐使职增设更多﹐权力更大﹔加以宦官专政﹐藩镇跋扈﹐尚书省的职权更加削弱。于是尚书诸司成为闲曹﹐“兵部无戎帐﹐户部无版图﹐虞﹑水不管山川﹐金﹑仓不司钱谷”﹐“官曹虚设﹐俸禄枉请”﹐“一饭而归﹐竟日无事”。大唐后期﹐尚书省已有名无实。
但是历史已经发生了变化，杜睿变法之后，有意加强了尚书省的职权，特别是在设立大行台尚书令之后，尚书令俨然已经成了六部之首，掌控着绝对的权利。
尚书省之下，为中书省，汉武帝时初设，称为中书谒者。因尚书台.独掌枢要，地位日益崇重。但**主义的封建统治者总要防止臣下的权力过大，以免威胁到自身。
东汉末，曹操受封为魏王后，在建置魏国百官时，便设立秘书令，典尚书奏事。魏文帝曹丕即位后，改秘书为中书，设监、令各一人，监、令之下置中书郎若干人，于是中书省正式成立，其官员由士人充任，与西汉时用宦者充任的中书不同。
从此以后，中书省与尚书台并立，原来由尚书郎担任的诏令文书起草之责，转由中书省官员担任。中书监、令的品秩虽低于尚书令、仆射，但与皇帝的近密程度过于尚书，故机要之权逐渐移于中书省，尚书台的地位因之削弱。
中书省的组织，历代均有变化。自魏晋至隋初，以监、令各一人为其长官。后隋又废监，置令两人。唐承隋制，中书令曾改称为右相、内史令、紫微令等，均不久即复旧称。监、令之下，有中书侍郎，为中书监、令之副，它与监、令的职责都是答复皇帝的咨询，负责起草诏敕及阅读臣下的表章。
自晋至隋初，侍郎员额四人，后改为二人，唐因之。侍郎之下，有中书舍人，初称中书通事舍人，后去通事之名。中书舍人初掌呈进章奏，后掌撰作诏诰及受皇帝委任出使，宣旨劳问，受纳诉讼。其员额历代不同，唐时置六人。中书舍人之下，复有通事舍人若干人，掌朝见引纳，殿庭通奏。此外，又有右补阙、右拾遗，掌谏诤，唐代所置；起居舍人，掌修起居注。
中书省最重要的职权是撰作诏令文书。魏晋之初，监、令、侍郎多亲自起草，如曹魏时刘放为中书监，善为书檄，三祖诏命多出自刘放。
西晋张华为中书令，当时诏诰皆张华草定。其后，担任监、令的高门士族，崇尚清谈，厌亲细务，起草诏诰文书，多委之于舍人，于是机要之权逐渐下移。
南朝时，草拟诏诰成为中书舍人的专职，其时皇帝为了便于驱使，多以低级士族或寒人充任舍人，“入直阁内，出宣诏命，凡有陈奏，皆舍人持入”，这样，他们就有机会参预决策。
南齐永明中，中书通事舍人权倾天下。梁武帝信任周舍、朱异，两人先后任中书舍人，专掌机密，虽官位多次升转，但不离舍人之职。
当下中书省设中书令一人，为大唐名臣阎立本，中书侍郎两人，为杜睿门生李敬元，郝处俊。
与中书省并列为门下省，门下省的组织历代不尽相同﹐但均以侍中为其长官﹐黄门侍郎为其副。
当朝﹐其下属有给事中﹑散骑常侍﹑员外散骑常侍﹑散骑侍郎﹑员外散骑侍郎﹑谏议大夫﹑奉朝请等官职。
门下省所统的下属机构﹐为城门﹑符宝二局和弘文馆。
当下门下侍中为杜睿门生岑文本之侄岑长倩，黄门侍郎为上官仪，裴炎，郭正一，来恒四人，凡居此官者﹐便可出入宫禁﹐为皇帝左右侍从﹐备顾问﹐并分管皇帝服用之物。
侍中由于在皇帝左右﹐有代皇帝“省尚书事”的责任﹐因此能参预决策。在东汉后期宦官专政﹐比侍中更为接近皇帝的中常侍﹑小黄门等掌握了“受尚书事”的权力﹐侍中在政治上的作用受到限制。
东汉末﹐宦官被诛后﹐献帝于即位之初﹐设置侍中﹑黄门侍郎﹐在皇帝左右省尚书事。从此侍中﹑黄门侍郎有了定员和专责﹐地位逐渐重要。
魏晋时期﹐侍中定员四人。三国时﹐侍中在魏﹑吴﹑蜀的政府中的地位都十分重要。黄门郎成为士人羡慕的要职。
门下侍中在政治上发挥的作用﹐以北魏更为显著。北魏早期官制脱胎于部落制度。什翼犍时﹐置左右近侍﹐侍值禁中﹐传宣诏命﹐以诸部大人及豪族良家子弟为之。无常员﹐或至百数﹐其职位类似侍郎。又置内侍长四人﹐主顾问﹐拾遗应对﹐其职位类似于侍中。后来﹐道武帝拓跋焘称帝建国﹐模仿魏晋官制﹐于是这种与门下省制度大致相当的内侍长﹑近侍之职﹐便取得了侍中﹑散骑侍郎等名称﹐并继续享有重要地位﹐太武帝时﹐穆寿﹑张黎均以侍中辅政。宣武帝末﹐于忠为侍中兼领军﹐既居门下﹐又总禁卫﹐秉朝政﹐权倾一时。北齐时宰相执政者也多兼侍中之职。
北周实行六官制度﹐不置门下省﹐其天官府御伯中大夫即相当于侍中之职。
隋朝废六官制﹐恢复门下省﹐原先的侍中即名为纳言﹐隋炀帝时又改纳言为侍内﹐这时因为避隋文帝父杨忠讳的缘故。唐初复名纳言﹐武德四年才复名门下侍中。
黄门侍郎在门下省是仅次于侍中的要职。南齐时被呼为小门下﹐职掌与侍中相同。
给事中以给事于官省之中得名。在汉代也是加官﹐大夫﹑博士﹑议郎等﹐凡加此官号者﹐便得在宫殿中任职。本无员额﹐曹魏时﹐或为加官﹐或为正员﹐以后历代或有或无。
大唐以来改名给事中﹐定员四人﹐地位在黄门侍郎之下。给事中职掌读署奏抄﹐驳正违失。诏敕有不便者﹐涂改还奏﹐涂归。
所以给事中具体执行门下省的封驳权﹐地位至为重要。大唐时的给事中已非隋以前的给事中﹐不过袭用其名而已。唐代给事中也曾改称东台舍人﹑鸾台舍人等名。由于它有驳正诏敕的职责﹐逐渐演变成为谏官。
散骑常侍﹑员外散骑常侍﹑散骑侍郎﹑员外散骑侍郎等官﹐原属散骑省﹐后又属集书省﹐隋代始并入门下省。其职掌侍从规谏﹐实际上是位望通显而无具体职事的闲职﹐仅用来作为高级官吏的荣誉衔。后又分散骑为左右﹐左属门下﹐右属中书。
此外还有左补阙﹑右拾遗各六人﹐掌讽谏，起居郎二人﹐掌记录时事﹐作起居注。这些都是杜睿改制之后增设的官职﹐也属门下省。
三省六部之外，尚有御史台，秦汉以御史负责监察事务。御史所居官署称御史府，又称兰台、宪台。南朝梁陈、北魏魏齐时，称御史台。是中央行政监察机关，也是中央司法机关之一，负责纠察、弹劾官员、肃正纲纪。
唐朝贞观之前，御史台仅仅风闻奏事，没有司法权力。贞观间，御史台设置台狱，受理特殊的诉讼案件。杜睿改制，专设受事御史一员，以御史充任，每日一人轮流受理词讼。从此，凡重大案件，御史台和刑部、大理寺组成三法司联合审理。大理寺负责审讯人犯、拟定判词，刑部负责复核，同时报御史台监审。
御史台以御史大夫为主官，为杜睿门生柳岩忠，御史中丞副之，领侍御史、殿中侍御史、监察御史。
御史台下设三院，分别是台院，殿院，察院。其主管官分别为侍御史﹑殿中侍御史﹑监察御史。掌纠察百僚、弹劾不法；审判皇帝特命的案件，并与门下省的给事中、中书省的中书舍人分直朝堂，受理冤讼，号称“小三司”。
其外尚有九寺五监，九寺为光禄寺，专司膳食；太仆寺，掌舆马畜牧之事；太常寺，掌宗庙礼仪；宗正寺，掌天子宗族事；大理寺，掌刑狱案件审理；卫尉寺，掌门卫屯兵；鸿胪寺，掌赞导相礼；少府寺，掌山泽之事，宫中服饰衣物、宝货珍贵之物；太府寺，掌钱谷金帛诸货币。
五监为国子监，掌国子学，太学诸般教化；少府监，掌牋祀圭璧、天子佩饰，分为左尚署，掌车乘制造，右尚署，掌鞍辔、纸笔等，织染署，掌冠冕、组绶、织纫、染色，有染坊使，掌冶署，掌玉器、金属器制作；将作监，掌土木营造之事。右校署，掌版筑、涂泥、粉刷，中校署，掌管竹、葛等器物制作，左校署，掌木器制作，甄官署，掌石器、陶器制作；军器监，掌禁军仪仗，分为甲坊署、弩坊署；都水监，掌各地川泽、津梁、渠堰、陂池之事。
只不过如今掌权的是杜睿了，九寺五监的职权自然要被进一步的削弱，除了大理寺，国子监之外，其余的部门都成了摆设，职位也大多由宗室之人担任，职权也过渡到了七部之中。
其中大理寺正卿由杜睿的门生高颖担任，国子监的祭酒则成了杜睿的首徒杜承业。
原本杜睿门下的大弟子是冯毅，只不过冯毅谋反，杜睿已经将他开革出了门墙，这下大弟子就成了杜承业。
杜承业虽然不热心政治，可是在教书育人上，却有他的独到之处，杜睿不再收徒之后，杜陵学院的学正便是杜承业，这些年来，杜承业也曾培养出了不少的人才，将国子学和太学这两大日后大唐人才培养基地，交给杜承业来打理，杜睿还是很放心的。
杜睿掌权之后，便大肆提拔他的门生故吏，自然也引起了不小的反对意见，但是如今杜睿大权在握，他要将官场重新洗牌，已经没有人能阻止他了。
而且那些突然之间失去了权利的朝臣们激烈反对，甚至直斥杜睿为当代王莽，但是让人们意外的是，对此皇帝李贤居然不反对，而且还下诏支持，不单单是李贤，就连在茂陵为李承乾守孝的武京娘对此都没有任何反对意见。
那是因为他们知道，杜睿接下来肯定又要进行一番类似于贞观年间那样的改革，而且大刀阔斧，势在必行，谁都阻止不了，既然阻止不了，倒不如听之任之。